Enquanto Sousas configurava-se como bairro rural, conhecido inicialmente como Bairro do Ilhéus e, mais tarde, Povoado Ponte do Atibaia, as celebrações religiosas eram realizadas nas próprias casas, ou nas fazendas da região, até que se construiu um local específico para o ato da fé. Através da iniciativa e financiamento de Joaquim Antonio Monteiro, inaugura-se a Capela de São Sebastião em 1889. Neste momento sua construção restringia-se a uma pequena construção muito simples, cuja fachada frontal era composta de apenas um vão de porta com duas folhas de madeira, contendo bandeira em arco abaulado e acima da parede um frontão com um óculo circular, cujo ápice sustentava uma modesta cruz. Era ainda desprovida de torre, edificada com paredes de pé direito relativamente baixo e com um pequeno altar.

A construção da capela favoreceu extraordinariamente o crescimento da ocupação nos seus arredores, fato este que propiciou a elevação do povoado a Arraial de Sousas, em homenagem aos proprietários das maiores sesmarias da região e membros da tradicional família Sousa Aranha.

A Igreja de São Sebastião foi tombada pelo CONDEPACC em 08/05/2003.